Оркестр был создан в 1989 г. Летом 2017 г. приказом Департамента культуры города Москвы художественным руководителем МГСО был назначен известный музыкант, пианист Иван Рудин. С приходом нового руководителя в коллективе произошли большие изменения. За семь прошедших лет обновился состав, значительно расширился репертуар, началось сотрудничество с ведущими российскими и зарубежными исполнителями, молодыми дирижерами и солистами.
Среди ключевых событий творческой жизни МГСО — выступление на открытии парка «Зарядье» (2017), участие в последнем концертном туре оперной дивы Монсеррат Кабалье в Государственном кремлевском дворце (2018), выступление на Международном фестивале «Русские сезоны», проходившем в Германии (2019), участие в Транссибирском арт-фестивале, дебют на сцене прославленного зала Берлинской филармонии (2019); открытие собственного абонемента в зале «Зарядье».
МГСО является базовым коллективом ежегодного Международного музыкального фестиваля ArsLonga. В рамках фестиваля осуществились смелые замыслы руководителя коллектива И. Рудина, требующие высочайшего мастерства и особой выносливости музыкантов: в 2021 г. к 250‑летию со дня рождения композитора были исполнены все 9 симфоний Бетховена, в 2022 — все симфонии Брамса, в 2023 — все симфонии Рахманинова.
В последние годы коллектив стал обращаться к опере. В 2023 г. в рамках фестиваля ArsLonga состоялся Опера-марафон, задуманный как состязание молодых оперных режиссеров. На сцене Концертного зала «Зарядье» исполнялись оперы Рахманинова и Чайковского. В мае 2024 г. в рамках проекта «Творческий вызов для молодых оперных певцов OperaCall» прошла премьера оперы Вагнера «Летучий голландец» в постановке Д. Отяковского, а в июне оперой Мусоргского «Борис Годунов» с Ильдаром Абдразаковым в заглавной партии открылся «Летний фестиваль в Зарядье».
Особую часть репертуара оркестра составляют музыкально-литературные композиции и симфоспектакли, созданные на основе выдающихся литературных произведений в сотрудничестве с известным актерами театра и кино: «Мастер и Маргарита», «Война и мир», «Нунча» по рассказам М. Горького. Среди последних работ — симфонический спектакль «Онегин. Лирические отступления» с участием Е. Миронова и М. Александровой.
В 2024 г. МГСО был приглашен в Сочи в качестве оркестра-резидента Большого летнего фестиваля «Сириус». В ближайших планах коллектива — сотрудничество с Д. Мацуевым, Д. Юровским, Н. Луганским, Е. Леонской, А. Рудиным, И. Абдразаковым, Р. Варгасом, Ю. Эйвазовым и др.